生物統計學習筆記從概念、推導到實務判讀

CHAPTER 08 · TOPIC 03

Kruskal–Wallis 檢定

Kruskal–Wallis 檢定用於比較三組以上彼此獨立的樣本。它是單因子 ANOVA 的等級版本:先把所有觀察值合併排序,再判斷各組的等級是否集中在不同位置。

本頁內容
  1. 研究設計與虛無假設
  2. 第一步:合併全部資料並給予等級
  3. 所有等級的中心為什麼是 (N+1)/2?
  4. Kruskal–Wallis 統計量如何形成?
  5. 為什麼近似卡方分布,自由度是 k−1?
  6. 相同數值為什麼需要 ties 修正?
  7. 拒絕 H₀ 後還不知道哪幾組不同
  8. 與 ANOVA 的相同處和不同處

Kruskal–Wallis 檢定用於比較三組以上彼此獨立的樣本。它是單因子 ANOVA 的等級版本:先把所有觀察值合併排序,再判斷各組的等級是否集中在不同位置。

研究設計與虛無假設

  • 結果至少能排序,可以是次序資料或連續資料。
  • 各組觀察值彼此獨立;重複測量資料不能使用本檢定。
  • 每一筆觀察值只能屬於一組。
  • 若要把結果解釋為中位數差異,各組分布形狀應大致相近。
H0:F1=F2==FkH1:至少一組分布不同H_0:F_1=F_2=\cdots=F_k\qquad H_1:\text{至少一組分布不同}

虛無假設的一般寫法是各組分布相同。若各組形狀相似而主要差異是位置平移,才可進一步把它理解成各組位置或中位數相同。

第一步:合併全部資料並給予等級

假設共有 k 組,第 i 組有 nᵢ 筆,總樣本數 N=Σnᵢ。先暫時拿掉組別標籤,把 N 筆資料由小到大排成 1~N;相同數值使用它們應占名次的平均等級。完成排序後,再把每個等級放回原來組別。

總樣本數N=i=1kniN=\sum_{i=1}^{k}n_i
第 i 組等級和Ri=Ri1+Ri2++RiniR_i=R_{i1}+R_{i2}+\cdots+R_{in_i}
第 i 組平均等級Rˉi=Rini\bar R_i=\frac{R_i}{n_i}

所有等級的中心為什麼是 (N+1)/2?

全部等級為 1,2,…,N,其總和是 N(N+1)/2;再除以 N,就得到所有資料的平均等級 (N+1)/2。H₀ 下,各組只是從同一分布取得的樣本,所以每組平均等級都應在這個共同中心附近。

全部等級總和1+2++N=N(N+1)21+2+\cdots+N=\frac{N(N+1)}2
全部資料的平均等級Rˉ=N+12\bar R_{\cdot}=\frac{N+1}{2}

Kruskal–Wallis 統計量如何形成?

檢定統計量把每組平均等級與共同中心的距離平方,再依該組樣本數加權。若所有組平均等級都接近 (N+1)/2,H 會很小;組間偏離愈大,H 就愈大。

以平均等級表示H=12N(N+1)i=1kni(RˉiN+12)2H=\frac{12}{N(N+1)}\sum_{i=1}^{k}n_i\left(\bar R_i-\frac{N+1}{2}\right)^2
以等級和表示H=12N(N+1)i=1kRi2ni3(N+1)H=\frac{12}{N(N+1)}\sum_{i=1}^{k}\frac{R_i^2}{n_i}-3(N+1)

兩個公式完全等價:把 R̄ᵢ=Rᵢ/nᵢ 代入第一式並展開平方,再利用 ΣRᵢ=N(N+1)/2,就會得到第二式。第一式容易理解統計量的來源;第二式通常較方便計算。

為什麼近似卡方分布,自由度是 k−1?

H₀ 下,各組平均等級只會因隨機分組而在共同中心附近波動。樣本足夠時,這個加權平方偏離量近似卡方分布。k 組等級和並不能各自自由改變,因為它們的總和固定為 N(N+1)/2;知道前 k−1 組後,最後一組就被總和限制決定,因此自由度為 k−1。

Hχk12H\overset{\cdot}{\sim}\chi^2_{k-1}
符號在這組公式中的意義
~服從某個機率分配
χ²卡方分配或卡方統計量

相同數值為什麼需要 ties 修正?

若資料有相同數值,它們使用平均等級,會使實際等級變異小於沒有 ties 的 1~N。直接使用未修正 H 會錯估虛無分配,因此要依每一組 ties 的大小 tⱼ 修正。

ties 修正因子C=1j(tj3tj)N3NC=1-\frac{\sum_j(t_j^3-t_j)}{N^3-N}
修正後統計量Hcorrected=HCH_{\mathrm{corrected}}=\frac{H}{C}

沒有 ties 時,每個 tⱼ=1,修正項為 0,因此 C=1;有 ties 時,統計軟體通常會自動套用修正,但報告時仍應說明資料是否有大量相同等級。

拒絕 H₀ 後還不知道哪幾組不同

Kruskal–Wallis 是整體檢定。顯著結果只表示至少一組的等級分布不同,不能直接宣稱每兩組都不同。接著需要進行適合等級資料的事後比較,例如 Dunn's test,並控制多重比較造成的整體型一誤差。

  1. 先以 Kruskal–Wallis 檢定整體 H₀。
  2. 若拒絕 H₀,再進行事先規劃的 contrasts 或 Dunn 兩兩比較。
  3. 使用 Holm、Bonferroni 或其他合適方法校正多重比較。
  4. 報告各組樣本數、中位數與四分位距、平均等級、H、df、p 值及效果量。

與 ANOVA 的相同處和不同處

比較項目One-way ANOVAKruskal–Wallis
輸入計算的資料原始數值合併後的等級
組間差異各組平均數相對總平均數各組平均等級相對 (N+1)/2
整體統計量FH
近似分布F 分布χ²(k−1)
整體顯著後ANOVA 事後比較Dunn 等級事後比較

兩者都先回答「是否至少有一組不同」,再處理差異位於哪些組。Kruskal–Wallis 並不是看到非常態就一定取代 ANOVA;選擇仍要依資料尺度、離群值、分布形狀、變異情況與研究問題判斷。